Ebersberg ist Endstation der S-Bahnlinie S 4 und S 6 des Münchner Verkehrsverbundes (MVV). Zwischen Ebersberg und München fährt die S-Bahn im 40-Minuten-Takt, ab Grafing-Bahnhof im 20-Minuten Takt. Zur Berufsverkehrszeit gilt der 20-Minuten-Takt auch ab Ebersberg.  

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Der sogenannte "Filzenexpress", ein Schienenbus der Deutschen Bahn ( DB 48 ), verbindet Wasserburg über Ebersberg und Grafing-Bahnhof mit München-Ost. Zur Fahrplantabelle des Filzenexpresses gelangen Sie hier.